NEB代理 , 表观遗传学 , 表观遗传学,EpiMark® N6-甲基化腺嘌呤富集试剂盒,#E1610S

产品资料 – 表观遗传学 – 表观遗传学

EpiMark® N6-甲基化腺嘌呤富集试剂盒

#E1610S 20 次反应

特性

 在免疫沉淀实验流程中富集经 m6A 修饰的 RNA

 经富集的 RNA 可直接用于 NGS 或 RT-qPCR

概述

 EpiMark N6-甲基化腺嘌呤富集试剂盒包含一个 N6– 甲基腺苷(m6A)兔源单克隆抗体。试剂盒中含有 2 个对照RNA,一个含有 m6A 修饰(Gaussia 荧光素酶),另一个不含 m6A 修饰(Cypridina 荧光素酶)用于监测富集和消耗程度。其中,GLuc RNA 对照在转录过程中需 20% 的 m6ATP 和 80% 的 ATP。

该试剂盒可用于在免疫沉淀实验流程中富集经 m6A 修饰的 RNA,可用于 NGS 或 RT-qPCR 等下游实验。在片段化的 RNA 样本中,经修饰的 RNA 可与 N6– 甲基腺苷抗体结合,从而被与抗体结合的 Protein G 磁珠富集。再经多轮洗涤与纯化步骤后,富集的 RNA 洗脱于无核酸酶水中,可用于进一步的分析。

EpiMark N6-甲基化腺嘌呤富集试剂盒组分

 – N6–甲基腺苷抗体

– m6A 修饰的对照 RNA(100 nM)
– 无修饰的对照 RNA(100 nM)

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NEB代理 , 表观遗传学 , 表观遗传学,EpiMark® 5-hmC 和 5-mC 分析试剂盒,#E3317S

产品资料 – 表观遗传学 – 表观遗传学

EpiMark® 5-hmC 和 5-mC 分析试剂盒

#E3317S 20 次反应

特性

 定量分析基因座内的 5-hmC 和 5-mC,重复性好
 简单明了的实验步骤
 与现有 PCR 技术相兼容
 可用于高通量用户
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概述

EpiMark 5-hmC 和 5-mC 分析试剂盒是一种简单快速试剂盒,能对特定 DNA 位点内的 5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)和 5-甲基胞嘧啶(5-mC)进行定性及定量。这种酶学方法包括三步简单操作,利用了同裂酶 MspI 和 HpaII 对甲基化敏感性的不同。
简述三步操作如下:基因组 DNA 用 T4 噬菌体β-葡糖基转移酶和 UDP-葡萄糖处理,将所有的 5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)糖基化;用限制性内切酶 MspI 和 HpaII 消化 DNA,这两个同裂酶有不同的甲基化敏感性;然后用终点或实时 PCR 来定性和定量不同的甲基化状态。EpiMa r k 试剂盒的设计目的是简化甲基化分析,增加发现新生物靶标的可能性。

EpiMark 5-hmC 和 5-mC 分析试剂盒包括

– T4 噬菌体 β-葡糖基转移酶
– UDP-葡萄糖
– MspI
– HpaII
– 蛋白酶 K
– 对照 DNA(未修饰的 5-羟甲基胞嘧啶和 5-甲基胞嘧啶)
– 正反向对照引物混合物
– NEBuffer 4
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用 EpiMark 5-hmC 和 5-mC 分析试剂盒分析 Balb/C 小鼠组织样品(基因座 12)不同的甲基化状态。A)用于甲基化分析的 6 个不同反应的终点 PCR。虚线框中的泳道显示了 5-羟甲基胞嘧啶的存在。B)实时 PCR 数据用于确定 5-羟甲基胞嘧啶和 5-甲基胞嘧啶的数量。结果显示了所选组织中 5-羟甲基胞嘧啶水平的变化。

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NEB代理 , 表观遗传学 , 表观遗传学,EpiMark 甲基化 DNA 富集试剂盒,#E2600S

产品资料 – 表观遗传学 – 表观遗传学

EpiMark 甲基化 DNA 富集试剂盒

#E2600S 25 次反应

特性

 高亲和性以确保最佳灵敏度
 小体积洗脱,简化下游应用
 简单明了的实验步骤,2 小时内完成富集
 富集的甲基化 DNA 易与双链接头连接,进行高通量测序
 较宽泛的样品起始 DNA 浓度,均可得到高纯度富集产物

概述

EpiMark 甲基化 DNA 富集试剂盒可有效的富集基于 CpG 密度的双链 CpG 甲基化 DNA。该试剂盒利用人 MBD2a 蛋白的甲基-CpG 结合域作为捕获诱饵,并将该结合域与人 IgG1 的 Fc 尾部融合表达形成 MBD2a-Fc 复合蛋白,再偶联上 ProteinA 磁珠形成 MBD2a-Fc/Protein A 磁珠复合物。这个稳定的复合物可以选择性的结合 CpG 甲基化的双链 DNA。高亲和性的磁珠与优化的试剂相配合,极大的提高了灵敏度和精确性。试剂盒提供所有所需试剂,2 小时内就能完成 4 步富集反应。
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EpiMark 甲基化 DNA 富集试剂盒包括

– MBD2-Fc 蛋白
– Protein A 磁珠
– 结合/洗涤缓冲液
– 高盐洗脱缓冲液
– 片段化 HeLa DNA
– Line element 引物(作为甲基化基因座对照)
– RPL30 引物(作为非甲基化基因座对照)
– MirA 基因座对照引物

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NEB代理 , 表观遗传学 , 表观遗传学,EpiMark 重亚硫酸盐转化试剂盒,#E3318S

产品资料 – 表观遗传学 – 表观遗传学

EpiMark 重亚硫酸盐转化试剂盒

#E3318S 48 次反应

特性

 完全转化未修饰的胞嘧啶为尿嘧啶
 简单明了的实验步骤
 稳定可靠的结果
 提供纯化柱

概述

重亚硫酸盐转化试剂盒可以检测每个胞嘧啶基团的甲基化状态,并可根据大规模测序要求进行相应调整。该试剂盒能将未修饰的胞嘧啶转化为尿嘧啶,而 5-mC 和 5-hmC 修饰的胞嘧啶则不被改变。借助在重亚硫酸钠中进行加热、变性交替循环处理,重亚硫酸盐转化试剂盒可以检测到甲基化修饰的胞嘧啶。试剂盒提供所有试剂包括离心柱。经重亚硫酸盐处理后的样本,可用 EpiMark 热启动 Taq DNA 聚合酶进行扩增。

重亚硫酸盐转化试剂盒包含以下组份

 – 偏重亚硫酸钠

– 溶解缓冲液
– 脱磺化反应缓冲液
– EpiMark 离心柱及 2 ml 收集管
– 结合缓冲液
– 洗涤缓冲液
– 洗脱缓冲液

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NEB代理 , 表观遗传学 , 表观遗传学,T4 噬菌体 β-葡糖基转移酶,T4-BGT,#M0357L

产品资料 – 表观遗传学 – 表观遗传学

T4 噬菌体 β-葡糖基转移酶(T4-BGT)

#M0357L 2500 units

#M0357S 500 units

特性

 糖基化 DNA 中 5-羟甲基胞嘧啶
 免疫检测 DNA 中 5-羟甲基胞嘧啶
 通过与 [3H] 或 [14C]-UDP-葡萄糖一起孵育将 [3H] 或 [14C]-葡萄糖掺入到含有 5-羟甲基胞嘧啶的 DNA 受体中,对 5-羟甲基胞嘧啶残基进行标记
 通过核酸内切酶保护分析检测 DNA 中的 5-羟甲基胞嘧啶

概述

T4 噬菌体 β-葡糖基转移酶能特异性地将尿嘧啶二磷酸葡萄糖(UDP-Glc)的葡萄糖基团转移至双链 DNA 的 5-羟甲基胞嘧啶残基上,形成 β-葡糖基-5-羟甲基胞嘧啶。

来源

携带 T4 噬菌体 bgt 基因克隆的大肠杆菌菌株。

反应条件

1X NEBuffer 4 和 40 μM UDP-葡萄糖,37℃ 温育。
热失活:65℃ 20 分钟。

随酶提供的试剂

10X NEBuffer 4
50X UDP-葡萄糖(2 mM)

单位定义

1 单位是指能够保护 0.5 μg T4gt-DNA 免受 MfeI 限制性内切酶切割所需要的酶量。

浓度

10,000 units/ml

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NEB代理 , 表观遗传学 , 表观遗传学,EpiMark® 热启动 Taq DNA 聚合酶,#M0490L

产品资料 – 表观遗传学 – 表观遗传学

EpiMark® 热启动 Taq DNA 聚合酶

#M0490L 500 次反应(50 μl 反应体系)

#M0490S 100 次反应(50 μl 反应体系)

相关产品

EpiMark 重亚硫酸盐转化试剂盒

EpiMark 聚合酶信息

NEB代理 , 表观遗传学 , 表观遗传学

概述

EpiMark 热启动 Taq DNA 聚合酶是重亚硫酸盐处理的 DNA 扩增操作的绝佳选择。该酶是 Taq DNA 聚合酶和一种对温度敏感的适配体抑制剂的混合物。该抑制剂能够与聚合酶可逆结合,在 45℃ 以下抑制聚合酶活性,而在 PCR 热循环条件下又可以释放聚合酶,所以该酶可以在室温下操作却不需要额外高温步骤来激活聚合酶。

来源

来源于 E. coli 菌株,该菌株携带有来自 Thermus aquaticus YT-1 的 Taq DNA 聚合酶基因。

浓度

5,000 units/ml。

NEB代理 , 表观遗传学 , 甲基化依赖型限制性内切酶,McrBC,#M0272L

产品资料 – 表观遗传学 – 甲基化依赖型限制性内切酶

McrBC

#M0272L 2,500 units

#M0272S 500 units

识别位点

NEB代理 , 表观遗传学 , 甲基化依赖型限制性内切酶

特性

 测定 CpG 二核苷酸的甲基化状态
 测定胞嘧啶甲基化的 DNA
NEB代理 , 表观遗传学 , 甲基化依赖型限制性内切酶
与 McrBC 一起温育的人类和果蝇基因组 DNA。在脊椎动物中估计有 60-90% 的 CpGs 是被甲基化的(6),而果蝇 DNA 中甲基化的 CpGs 非常稀少(大约 12.5 kb 的 DNA 中仅出现一个甲基胞嘧啶,7)。泳道 1:人类 DNA;泳道 2:与 McrBC 一起温育的人类 DNA;泳道 3:果蝇DNA;泳道 4:与 McrBC 一起温育的果蝇 DNA;泳道 M:BstEII 消化的 λDNA(NEB #N3014)。

概述

McrBC 是一种核酸内切酶,无论甲基胞嘧啶* 是在 DNA 的一侧链上还是在对侧链上,McrBC 都能切割。对未甲基化的 DNA,Mc rBC 无作用。DNA 上 McrBC 的识别位点由两个 (G/A)mC 形式的半位点组成,这两个半位点之间的距离可以达到 3 kb,但是最佳距离为 55-103 bp。McrBC 的切割需要 GTP,当存在不可水解的 GTP 类似物时,该酶可以特异地结合到甲基化 DNA 上,但不能进行切割。McrBC 作用于一对 PumCG 序列元件,以此检测高比例甲基化的 CpGs,但是不能识别内部胞嘧啶甲基化了的 HpaII/MspI 位点(CCGG)。
* 5-甲基胞嘧啶、5-羟甲基胞嘧啶或者 N4-甲基胞嘧啶。

来源

两种组成蛋白分别纯化自含有编码 McrB 和 McrC 质粒的 E.coli K-12 菌株。

反应条件

NEBuffer 2 + BSA + GTP,37℃ 温育。
热失活:65℃ 20 分钟。

随酶提供的试剂

10X NEBuffer 2
100X BSA
100X GTP (100 mM)
对照质粒 DNA

单位定义

1 单位指在 50 μl 反应体系中,37℃ 条件下,1 小时切割 0.5 μg 含有多个 McrBC 位点的质粒所需要的酶量。

浓度

10,000 units/ml。

注意事项

McrBC 在每对半位点之间切割一次,切割位点靠近某一个半位点,但是通常距最近的甲基化碱基大约 30 bp。因此,当 DNA 中存在多个 McrBC 半位点时(例如胞嘧啶甲基化基因组DNA),识别序列的可变性导致位点重叠,产生弥散状而不是细窄的条带。

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NEB代理 , 表观遗传学 , 甲基化依赖型限制性内切酶,MspJI,#R0661L

产品资料 – 表观遗传学 – 甲基化依赖型限制性内切酶

MspJI

#R0661L 1000 units

#R0661S 200 units

识别位点

NEB代理 , 表观遗传学 , 甲基化依赖型限制性内切酶

概述

MspJl 是经 EpiMark 验证过的产品,是一种修饰依赖型核酸内切酶,能够识别 mCNNR 位点并能在修饰的胞嘧啶 3´ 一侧 N9/N13 处切割双链DNA。能被识别的胞嘧啶修饰有:C5-甲基化胞嘧啶(5–mC)和 C5-羟甲基化胞嘧啶(5-hmC)。

反应条件

1X CutSmart 缓冲液 + 1X 酶活性液,37℃ 温育。
热失活:65℃ 20 分钟。

浓度

5,000 units/ml。

注意事项

延长酶切时间可能会出现星号活性。

NEB代理 , 表观遗传学 , 甲基化依赖型限制性内切酶,FspEI,#R0662S

产品资料 – 表观遗传学 – 甲基化依赖型限制性内切酶

FspEI

#R0662S 200 units

识别位点

NEB代理 , 表观遗传学 , 甲基化依赖型限制性内切酶

概述

FspEl 是经 EpiMark 验证过的产品,是一种修饰依赖型核酸内切酶,能够识别 CmC 位点并能在修饰的胞嘧啶 3´ 侧 N12/N16 处切割双链 DNA。能被识别的胞嘧啶修饰包括:C5-甲基化胞嘧啶(5-mC)和 C5-羟甲基化胞嘧啶(5-hmC)。

反应条件

1X CutSmart 缓冲液 + 1X 酶活性液,37℃ 温育。
热失活:80℃ 20 分钟。

浓度

5,000 units/ml。

注意事项

延长酶切时间可能会出现星号活性。

NEB代理 , 表观遗传学 , 甲基化依赖型限制性内切酶,LpnPI,#R0663S

产品资料 – 表观遗传学 – 甲基化依赖型限制性内切酶

LpnPI

#R0663S 200 units

识别位点

NEB代理 , 表观遗传学 , 甲基化依赖型限制性内切酶

概述

LpnPl 是经 EpiMark 验证过的产品,是一种修饰依赖型核酸内切酶,能够识别 CmCDG 位点并能在修饰的胞嘧啶 3´ 一侧 N10/N14 处切割双链DNA。能识别的胞嘧啶修饰有:C5-甲基化胞嘧啶(5-mC)和 C5-羟甲基化胞嘧啶(5-hmC)。

反应条件

 1X CutSmart 缓冲液 + 1X 酶活性液,37℃ 温育。
热失活:65℃ 20 分钟。

浓度

5,000 units/ml。

注意事项

延长酶切时间可能会出现星号活性。