水平式电泳和垂直式电泳区别为：方向不同、支持物不同、分离效果不同。

一、方向不同

1、水平式电泳：水平式电泳是在水平方向放置的凝胶平板中进行的电泳。

2、垂直式电泳：垂直式电泳是在垂直方向放置的凝胶平板中进行的电泳。

二、支持物不同

1、水平式电泳：水平式电泳用琼脂糖凝胶作支持物。

2、垂直式电泳：垂直式电泳用聚丙烯酰胺凝胶作支持物。

三、分离效果不同

1、水平式电泳：水平式电泳横截面积比垂直式电泳大，因此单位横截面积的电量强度更低，分离效果更差。

2、垂直式电泳：垂直式电泳横截面积比水平式电泳小，因此单位横截面积的电量强度更高，分离效果更好。