阻断剂是非荧光底物，在细胞内（SNAP-Cell Block和 CLIP-Cell Block）或活细胞表面（SNAP-Surface    Block 和 CLIP-Cell Block）阻断 SNAP- 或 CLIP-tag 的反应。在 SNAP- 或 CLIP-tag 融合蛋白的活细胞和体外标记实验中，可以用阻断剂制备无荧光对照。

SNAP- 和 CLIP-Cell 阻断剂可顺利透过细胞膜，一旦进入细胞，即与 SNAP- 或 CLIP-tag 反应，使之在后续的标记反应中不可逆地失活。

SNAP-Surface 阻断剂也与 SNAP-tag 发生不可逆反应，使之在随后的标记步骤中失活。该阻断剂不能透过细胞膜，仅可阻断暴露于细胞表面的SNAP-tag。