(1) 根据目标化合物性质选择
(2) 根据基质性质选择
固相萃取技术最重要的目的在于通过固相萃取柱将目标化合物和主要干扰物分离开，从而实现净化目的，因而掌握目标化合物和主要干扰物的性质并找出差异才能成功选出合适的固相萃取柱将二者加以分离。以上的情况远不能涵盖可能的基质和分析项目，涉及到其他具体实例，操作者依据“区分目标化合物和主要干扰物的” 原则进行选择往往能够取得理想效果。
| 基质 | 目标化合物 | 主要干扰物 | 萃取柱 |
| 土壤、污水 | 疏水性有机污染物 | 腐殖物质 | 反相柱 ProElut PLS、C18 |
| 水果、蔬菜、中药、果汁、蔬菜汁、果酒 | 多种农药残留 | 碳水化合物、色素、有机酸、酚 | ProElut NH2、PSA或 Carb/NH2（保留干扰物） |
| 弱极性农药（某一种或某一类） | 碳水化合物、色素、有机酸、酚 | 反相柱 ProElut PLS、C18 | |
| 碱性农药 | 碳水化合物、色素、有机酸、酚 | 阳离子交换柱 ProElut PXC、PWC或 SCX | |
| 酸性农药 | 碳水化合物、色素、有机酸、酚 | 阴离子交换柱 ProElut PXA、PWA或 SAX | |
| 血液、尿液、动物组织、奶制品 | 中性、弱酸性、弱碱性药物 | 蛋白质、脂肪 | 反相柱 ProElut PLS或 C18 |
| 碱性药物 | 蛋白质、脂肪 | 阳离子交换柱 ProElut PXC、PWC或 SCX | |
| 酸性药物 | 蛋白质、脂肪 | 阴离子交换柱 ProElut PXA、PWA或 SAX | |
| 油脂 | 脂溶性维生素、磷脂、黄曲霉毒素等 | 脂肪 | 正相柱 ProElut Silica、NH2、PSA |
(3) 选择固相萃取柱的其他原则
A、当某一种或一类可以被一种以上的SPE 柱从基质中萃取出来，选择性较好的SPE 柱应被选择；对于选择性，离子交换＞正相＞反相；
B、固相萃取部分与分析部分的分离机理不同时，最终的分析效果往往较好；